Oui, Spybot-S&D gère complètement PE en général ainsi que PEBuilder.
Vous pouvez télécharger l'extension (plugin) nécessaire ici, ou simplement lancer Spybot-S&D depuis votre disque dur après avoir amorcé (booté) sur un disque PE.

Une fois lancé depuis votre CD bootable PE, Spybot-S&D va balayer automatiquement la totalité du Registre et des lecteurs qu'il peut trouver (si vous voulez avoir cette fonction sans PE, lisez cet article de la FAQ).