Ci sono diversi modi di cercare spie. Uno potrebbe essere quello di cercare voci e file sospetti nell'intero registro e in tutto il disco rigido, ma ciò richiederebbe parecchio tempo. Spybot-S&D funziona in modo differente e trae vantaggio dal fatto che tutte le spie hanno nel sistema pochi posti a cui attaccarsi per rimanere attive. Esso avvia la ricerca proprio da quei posti, fino a catturare l'intero spyware seguendo le informazioni ivi desunte.