Se è stata effettuata un'installazione ex-novo di Spybot-S&D, alcune funzioni, tipo la sezione Utilità o quella delle Impostazioni, potrebbero essere state perse. Non sono sparite, ma Spybot-S&D può essere avviato in due modi. Dalla voce Modalità nella barra dei menù si può scegliere tra Modalità predefinita, con le sole funzioni di base, e la Modalità avanzata in cui si ritroveranno le predette sezioni.